История университета неразрывно связана с историей развития Белгородчины и страны в целом. В 1956 году была создана областная сельскохозяйственная опытная станция, ставшая научно-методическим и организационным центром по пропаганде и внедрению достижений науки и передового опыта в сельскохозяйственное производство региона. В 1971 году она была реорганизована в Научно-исследовательский и проектно-технологический институт животноводства ЦЧЗ.

В 1978 году на базе института животноводства и филиала Воронежского СХИ был создан Белгородский сельскохозяйственный институт (учебно-научный центр по сельскому хозяйству). Его специфика предопределила интеграцию учебного и исследовательского процессов, обеспечивая качественно более высокий уровень научного и профессионального обучения.

В 1994 году институт получил статус академии, с 2002 года – федеральное государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Белгородская государственная сельскохозяйственная академия». С мая 2011 года вуз носит имя Василия Яковлевича Горина.

Согласно приказу Министерства сельского хозяйства РФ от 15 сентября 2014 года № 357 «О переименовании ФГБОУ ВПО и их филиалов» вуз получил новый статус и переименован в федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Белгородский государственный аграрный университет имени В. Я. Горина» (ФГБОУ ВО Белгородский ГАУ).